A HECON feladata elsődlegesen az egészségügyi közgazdaságtan és technológiaértékelés egységes kutatási és oktatási stratégiájának kialakítása, a karokkal és egyetemi központokkal az orvosi, műszaki, közgazdasági és üzleti tudományok eredményeit integráló közös fejlesztések, kutatások, hazai és nemzetközi pályázatok kezdeményezése, megtervezése és megvalósítása, szakmai támogatása.
Elősegíti az innovatív, érték alapú egészségügyi technológiák fejlesztését és alkalmazását, azok tényleges vagy várható eredményeinek, gazdasági és társadalmi hatásának mérésén, mérhetővé tételén, evidenciákon alapuló értékelésén keresztül segítve a tudományos, gazdasági és társadalmi döntéshozatalt.
Stratégiai feladata, hogy olyan innovatív kutatóhelyként működjön, amely a tehetséggondozásban, PhD hallgatók kutatói pályára történő felkészítésében is jelentős szerepet játszik.
Összefogja az Egyetem azon tevékenységeit, amelyek arra irányulnak, hogy az egészségügyi közgazdaságtan és technológiaelemzés elméleti és gyakorlati kutatómunkája a legkorszerűbb alapokon folyhasson.
Az Egyetem doktori iskoláival együttműködésben, a tevékenységi körhöz illeszkedően részt vesz a PhD képzésben; PhD témakiírást és témavezetést biztosít.
Szakmai kapcsolatokat fejlesztése orvosi, műszaki, közgazdasági és üzleti tudományok, valamint az egészségügy és egészségipar hazai és nemzetközi szereplőivel, kutatási és pályázati együttműködéseket alakít ki, szakmai rendezvényeket szervez, és szakmai szervezetek munkájában vesz részt.
Célja a minőségi szegmensbe sorolt közlemények publikálása, hozzájárulás az Egyetem publikációs teljesítményének növeléséhez, ezáltal nemzetközi rangsorokban történő előrelépéséhez.